林教授：
唯识理论认为：一切法都是由阿赖耶识所变现的。
比如说山上的一棵树种，因缘俱会，树种长出芽，然后变成小树，然后长成参天大树。
唯识的理论认为，树种不是这棵大树的因，只是变异因，唯有有情的阿赖耶识的种子才是这棵树的因。
林教授，这个地方较难理解，比如说这棵山上的树，我没去过这座山峰，没看到过这棵树，也不知它长成什么地方，也不知它长成什么样子，我同它一点关系也没有，怎么按照唯识的理论，是由我的阿赖耶识所变现的？我的阿赖耶识是这棵树种发芽、生长的因缘？

林教授答：

▓比如說，某座山上的一棵大樹，我沒去過這座山峰，沒看過這棵大樹，也不知它長成什麼樣子，表面上，我同它一點關係也沒有。當我某一天到這地方看到這棵大樹，表面上，我和這棵大樹此時才有了關係。
但是，追究起來，這棵大樹是依據緣起成長著（由樹的種子、樹的芽，長到大樹）；某一天我到這地方看到這棵大樹，也是依據緣起才看到，別人（眼睛健全的人）到這地方也依據緣起看得到這棵大樹。如果去前，沒有這棵樹成長著，我到這地方就看不到這棵大樹，別人也同樣看不到這棵大樹。

▓唯識的理論是再追下去，這棵樹的種子、樹的芽、這棵大樹、我的眼睛、別人的眼睛，一切都是離不開有情的阿賴耶識的種子的成熟而有。這棵樹的種子、發芽、生長都是由有情的阿賴耶識所變現的。阿賴耶識的種子成熟到樹芽時，眼睛健全的人就看到樹芽；阿賴耶識的種子成熟到大樹時，眼睛健全的人就看到大樹。沒來到這兒的人，就看不到這棵大樹。瞎子來這兒，也看不到大樹，但可摸到大樹，這是因為他個人的緣起有部分的差異（眼根壞了，但身根沒壞），他的阿賴耶識的種子有部分的差異。每人阿賴耶識的種子的部分差異又涉及個人無窮的過去。共中有不共。

▓這棵樹的成長過程中，人們若排放大量工廠的污氣，因而有情的阿賴耶識中播下新的種子，當樹長大時，阿賴耶識所變現的就是枯黃的大樹，眼睛健全的人所看到的就是枯黃的大樹。又，同一棵樹，藝術家是以藝術眼光來看，植物學家則分辨是何種植物；建築商則估計是否適合作建材。共中有不共，可依此去類推、去思考。

▓有情的阿賴耶識是一輾轉演變的過程，過去演變到現在，眾生現在的所作所為又影響阿賴耶識的內容，使未來有所變化。

▓以上是粗說。阿賴耶識的精細理論，請見歷代唯識大師的解說。

1. 引文：『唯识理论认为：一切法都是由阿赖耶识所变现的。』

2. 【般若波羅蜜多心經幽贊卷上, 窺基大師著】：
【因是心相即入諸法實相。故唯識觀最為第一。識者心也。由心集起綵畫為主。獨立唯名攝所餘法。唯言為遮所執我法離心而有。識言為表因緣法性皆不離心。
『顯法離心決定非有名為唯識。非謂一切唯一識心更無餘物。』】

3. “唯識”簡單的說: 是我們的心, 沒有識不行; 並不是說”萬物唯心造”.(字面意義：萬物都是心識所造).

http://www.insights.org.tw/xoops/modu ... .php?topic_id=499&forum=2

阿賴耶識存在嗎?
阿賴耶識是否第一因?佛法承認有第一因嗎?
阿含經那一經說有阿賴耶識?

可以參考印順導師給繼程法師的回信：

月稱《入中論》中，論破瑜伽唯識，有不許阿賴耶等八義。然龍樹時代，阿賴耶唯識說尚未興起，當然無阿賴耶唯識之義，此八義中，依龍樹義，在六識現起時，同時有「現在意」，即在六識以外，同時有細意識（阿賴耶等由此而來），即近人所言「下意識」、「潛意識」。蓋六識為了別境界，而意則能「執持根身」，不離於身。月稱《入中論》繼承「有部之無間滅意」，不許有細心。然依中國所傳（大智度論）龍樹論意，應有執持根身，能生六識之「現在意」，與阿賴耶相近，但不許說阿賴耶識而現起一切也。此外，可依月稱《入中論》意。